その裏の真実とは、実は「ノアの一族」と「黒の教団」はかつて同じ組織であり、千年前に分裂したものだったのだ。千年前、ノアの一族のリーダーだったミレニアム伯爵は、人間たちによって裏切られたことで悪魔に取り憑かれ、憎しみと復讐心で満たされた存在となってしまった。 ミレニアム伯爵は自らを裏切った人間たちに復讐を果たすために、AKUMAを生み出し世界を混乱させようとしていたのだ。一方、ミレニアム伯爵と同じく人間たちを守る使命を持つエクソシストたちは、AKUMAを破壊し世界の平和を守るために戦っていた。 そして物語のクライマックスでは、ノアの一族と黒の教団の闘いが激化し、真実が明らかになる。その真実を知ったエクソシストたちは、ミレニアム伯爵を止めるために力を合わせ、壮絶なバトルが繰り広げられることになるのだった。